认罪认罚从宽制度在运行中确实体现出了一定的职权主义色彩，但同时也包含了协商性逻辑。具体分析如下：

一. 职权主义逻辑在认罪认罚从宽制度中的体现

1. 检察机关的启动权：在认罪认罚从宽制度的适用中，检察机关独享该制度的启动权，这体现了职权性逻辑的一面。检察机关决定是否启动该制度，而被追诉人申请启动并不必然会引发检察机关的启动。
2. 被追诉方的前置性义务：被追诉方需要先行认罪、悔罪，并如实供述自己的犯罪事实，才有可能适用认罪认罚从宽制度。这种前置性义务的设置，也体现了职权性逻辑。
3. 认罪认罚具结书的检察主导性：认罪认罚具结书的签署过程中，检察机关发挥着讯问者的角色，被追诉人只需作出接受或拒绝的意思表示。这显示了检察机关在认罪认罚从宽制度中的主导性。
4. 量刑建议的自主决定：量刑建议是由检察机关依职权自主决定的，尽管过程中会增加听取被追诉方意见的环节，但意见是否采纳仍由检察机关单方决定。

二. 协商性逻辑在认罪认罚从宽制度中的体现

1. 确定刑量刑建议：检察机关在认罪认罚案件中一般提出确定刑量刑建议，这体现了控辩双方沟通协商的结果，是协商性逻辑的一种体现。
2. 量刑建议的采纳：认罪认罚案件中检察机关的量刑建议一般得到采纳，若审判机关认为量刑建议明显不当，会先由检察机关调整量刑建议，而不是直接作出判决。这也体现了协商性逻辑。
3. 对上诉的抗诉回应：检察机关对被追诉人违背事先协议而上诉的行为，会坚决予以制止，这同样是协商性逻辑的一种表现。

综上所述，认罪认罚从宽制度在运行中既体现了职权主义逻辑，也包含了协商性逻辑。两者并非完全割裂，而是相互交织、共同作用于该制度的实践中。我的观点是，认罪认罚从宽制度是一种融合了职权主义与协商性逻辑的新型诉讼模式。如有进一步需要，您可以继续咨询我。