检察机关办理销售假冒注册商标的商品罪主要面临取证难、行为模式认定难、数额认定难等难点。以下是对这些难点的详细分析：
一. 取证难
物证收集困难：在网络销售模式下，假冒注册商标的商品通过电商平台进行交易，涉及网络下单、快递送货等环节。这导致侵权产品的扣押地可能分散在多个地点，如被告人的住所地、储存物品所在地、物流途中所在地或买家所在地。在买家所在地扣押侵权产品时，还需同时收集买家的询问笔录及电子证据，以确保被扣押物品与行为人所售物品的同一性，这增加了取证的复杂性和难度。
电子证据收集与固定：网络销售活动中产生的电子数据，如交易记录、聊天记录等，是认定犯罪行为的重要证据。但这些电子数据易于修改、删除，且可能存储在不同的服务器或终端设备上，给证据的收集与固定带来挑战。
二. 行为模式认定难
销售与生产行为的区分：在司法实践中，存在形式为销售、实质为生产的情形。例如，行为人购买无品牌商品后贴上注册商标进行销售，这种行为实际上构成了生产侵权产品，而非单纯的销售行为。准确区分销售与生产行为，对于正确适用法律和定罪量刑至关重要。
共同犯罪行为的认定：在销售假冒注册商标的商品罪中，往往涉及多人参与犯罪。确定各参与人的刑事责任、判断是否存在共同犯罪及共同犯罪中的主从关系，需要深入剖析行为人的供述与辩解、证人证言等证据材料，这增加了行为模式认定的复杂性。
三. 数额认定难
销售金额的确定：销售假冒注册商标的商品罪的数额认定，不是按照被侵权产品的市场价格确定，而是按照行为人的销售金额予以确定。这要求检察机关在取证时特别注意收集、固定账册、银行汇单、支付宝交易明细等证据。然而，在网络销售案件中，行为人往往会提出刷单等不真实交易的辩解，给销售金额的准确认定带来困难。
虚假交易的甄别：为了准确认定销售金额，检察机关需要对交易明细进行仔细甄别，剔除虚假交易部分。这需要对交易明细进行逐一核实，并结合行为人的供述与辩解、证人证言等证据材料进行综合判断。在行为人认罪但无法区分真实与虚假交易的情况下，还需根据商家一般不会低于成本价大肆销售商品的常情常理进行判断；在被告人不认罪的情况下，则需要根据交易明细加以核实，并确定交易价格。这一过程耗时耗力，且可能引发争议。
综上所述，检察机关在办理销售假冒注册商标的商品罪时，需要克服取证难、行为模式认定难、数额认定难等难点。这要求检察机关加强证据收集与固定工作、深入剖析行为模式、准确认定销售金额，并综合运用各种证据材料形成稳固的证据链，以确保案件的顺利办理和公正裁判。