亲缘鉴定中，当基因相似度（亲子关系概率）达到99.99%及以上时，可以高度认定存在亲生血缘关系。以下是具体分析：

一. 基因相似度与亲缘关系的判定

1. 高度认定标准：在亲缘鉴定中，尤其是亲子鉴定，基因相似度达到99.99%及以上是一个重要的阈值。当相似度达到或超过这一水平时，我们可以高度认定存在亲生血缘关系。这一结论是基于科学检测和分析得出的，具有较高的准确性和可靠性。
2. 确定性程度的差异：值得注意的是，即使相似度极高，如99.9999%，也不能达到100%的确定性。因为科学检测总是存在一定的误差范围。同样，如果相似度未达到这一高度，如小于99.99%，则不能完全确定为亲生，但也不能直接排除亲生的可能性。

二. 影响亲缘鉴定结果的因素

1. 样本质量与技术因素：亲缘鉴定的准确性直接受到样本质量和技术水平的影响。因此，在进行亲缘鉴定时，选择正规、有司法鉴定资质的机构，并严格按照实验操作流程进行，是确保结果准确可靠的关键。
2. 特殊情况的影响：虽然罕见，但基因突变等特殊情况可能影响鉴定结果。这要求我们在解读鉴定结果时，需保持谨慎态度，并结合其他证据或信息进行综合判断。

三. 应对低相似度结果的策略

1. 增加样本数量：当亲缘鉴定结果小于99.99%时，并不意味着两者没有亲缘关系。此时，可以考虑增加样本数量，尤其是家族成员的样本，以提高鉴定的准确性。
2. 关注鉴定机构与实验标准：选择设备先进、技术水平高的鉴定机构，并确保DNA鉴定的仪器和实验标准符合国家标准，也是提高鉴定准确性的重要途径。

综上所述，在亲缘鉴定中，基因相似度达到99.99%及以上时，可以高度认定存在亲生血缘关系。但同时，我们也应关注影响鉴定结果的各种因素，并保持谨慎态度。对于低相似度结果，应结合其他证据或信息进行综合判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。