合作机构消保合作协议一般不包括政府部门。下面我来详细解释一下：

首先，从“合作机构”这一表述来看，它通常指的是与企业或组织进行合作的其他企业或组织，这些机构之间通过签订合作协议来明确双方的权利和义务。而政府部门作为公共管理机构，其职责和定位与一般的合作机构有所不同。

其次，消保合作协议，即消费者权益保护合作协议，主要是为了保护消费者权益而制定的。这类协议通常涉及的是企业与企业之间，或者企业与消费者组织之间的合作，以共同维护消费者权益，提升服务质量。政府部门虽然也负有保护消费者权益的职责，但它们通常是通过制定法律法规、监管市场等方式来实现，而不是通过与企业签订消保合作协议。

最后，从实践角度来看，合作机构消保合作协议更多的是商业行为的一部分，而政府部门通常不会以这种方式直接参与到商业合作中。当然，政府部门可能会通过其他方式与企业合作，共同推动消费者权益保护工作，但这与一般的合作机构消保合作协议是有区别的。

综上所述，合作机构消保合作协议一般不包括政府部门。如果你在这方面还有其他问题或需要进一步的法律咨询，欢迎随时向我提问。