撤销婚姻案件立案后，如果被告住院，处理流程可以参考以下建议：

首先，需要明确的是，尽管被告住院，但法律程序仍需要继续进行。法院可能会根据被告的实际情况，采取一些灵活的措施来确保审判的公正性和被告的合法权益。

1. 及时通知法院：

   • 原告或被告的代理人应当立即将被告住院的情况通知给受理案件的法院，以便法院能够及时了解情况并作出相应的安排。

2. 申请延期开庭：

   • 如果被告的住院情况严重，无法按时出庭，可以向法院申请延期开庭。法院会根据被告的病情和医疗证明来决定是否同意延期。

3. 医院证明与医疗评估：

   • 被告需要向法院提供住院证明、病情诊断书等相关医疗文件，以证明其确实因病无法出庭。法院可能会要求对这些医疗文件进行核实或进行医疗评估。

4. 远程视频开庭：

   • 如果条件允许，法院可能会考虑采用远程视频开庭的方式，让被告在医院病房内通过视频参与庭审。这需要法院、医院和被告三方之间的协调与配合。

5. 代理人出庭：

   • 如果被告无法亲自出庭，可以委托代理人出庭。代理人需要充分了解案情，并准备相关证据和材料，以维护被告的合法权益。

6. 关注法律时效：

   • 在处理撤销婚姻案件时，需要注意法律时效问题。如果因为被告住院而耽误了诉讼进程，可能会导致案件超过诉讼时效而无法得到法院的支持。因此，原告和被告都需要密切关注诉讼时效，并在必要时向法院申请延长。

7. 与法院保持沟通：

   • 在整个诉讼过程中，原告和被告都需要与法院保持密切沟通，及时了解案件进展和法院的要求。这有助于确保双方都能够按照法律程序进行诉讼，并维护各自的合法权益。

总之，撤销婚姻案件立案后被告住院是一个特殊情况，需要法院、医院和当事人之间的共同努力来妥善处理。通过及时通知法院、申请延期开庭、提供医疗证明、考虑远程视频开庭、委托代理人出庭以及关注法律时效等措施，可以确保审判的公正性和被告的合法权益得到保障。