在竞业协议中，用人单位的义务主要集中在支付竞业限制补偿费这一方面。具体来说：

从劳动者离职并开始计算竞业限制时起，用人单位应当按照竞业限制期限向劳动者支付一定数额的竞业限制补偿费。这是用人单位在竞业协议中必须履行的主要义务。补偿费的金额通常约定为劳动者离开用人单位前一年的基本工资（不包括奖金、福利、劳保等），并且补偿费一般按季支付，由用人单位通过银行支付至劳动者银行卡上。如果劳动者拒绝领取，用人单位可以将补偿费向有关方面提存。

这一义务的设置，是为了平衡劳动者的就业权和用人单位的商业秘密保护权。劳动者因竞业限制而可能面临就业上的限制，因此用人单位需要支付相应的补偿费以作为对劳动者的经济补偿。

综上所述，用人单位在竞业协议中的义务主要是按照约定支付竞业限制补偿费，以确保劳动者的合法权益得到保障，同时也维护了用人单位的商业秘密保护权。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。