针对您提出的“普通刑事案件取保候审阶段出入境海关会查吗”这一问题，以下是详细且清晰的解答：

一、取保候审期间出境的规定

取保候审是刑事诉讼过程中的一种强制措施，旨在保证诉讼活动的顺利进行，同时给予犯罪嫌疑人、被告人一定的自由度。然而，这种自由是受到严格限制的。根据《刑事诉讼法》的相关规定，被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人未经执行机关批准不得离开所居住的市、县。出境显然属于离开所居住的市、县的范围，且涉及离开中国国境，因此，在取保候审期间，未经批准出境是明确违反规定的。

二、边检部门的拦截机制

边检部门与司法机关之间存在信息共享机制，能够实时掌握犯罪嫌疑人、被告人的取保候审状态。当处于取保候审期间的人员试图出境时，边检人员通过查验其身份信息，会发现其处于被限制出境的状态，并据此阻止其出境。这一机制确保了取保候审制度的严肃性和有效性，防止犯罪嫌疑人、被告人逃避法律制裁。

三、特殊情况下的出境申请

若被取保候审人有特殊情况需要出境，必须向执行机关提出申请，并说明出境的理由、目的地、时间等详细信息。执行机关会根据具体案情和实际情况，综合考虑是否批准其出境。只有获得批准后，被取保候审人才有可能顺利通过边检出境。否则，私自前往边检试图出境不仅会被拦截，还可能因违反取保候审规定而面临更严重的法律后果。

四、违反取保候审出境的后果

如果被取保候审人在取保候审期间违反出境管理规定，公、检、法三机关可以随时撤销对其的取保候审决定，并可能没收部分或全部保证金。同时，根据违反规定的情形，重新评估并决定对其采取取保候审还是羁押等强制措施。此外，如果当事人因此被判处刑罚，违反取保候审规定还可能导致其量刑时从严把握。

五、总结

综上所述，普通刑事案件取保候审阶段，出入境海关会进行严格的查验。被取保候审人未经批准不得出境，否则将面临严重的法律后果。因此，建议被取保候审人严格遵守相关规定，配合司法机关完成整个刑事诉讼过程。如有特殊情况需要出境，应提前向执行机关提出申请并获得批准。