针对您提出的问题，即离婚协议中孩子归男方但实际由女方抚养的情况如何书写，以下是一个详细且清晰的解答：
一、离婚协议的基本结构
离婚协议应包含以下基本内容：
双方基本信息：详细列出男女双方的姓名、身份证号码、民族、出生年月日、住址等，确保信息的准确性。
离婚原因与事实：简要阐述双方协议离婚的具体事实和理由，为离婚背景提供说明。
自愿离婚意愿：明确表达双方自愿离婚的意思，并对财产分割、债务处理以及子女抚养等事项达成一致意见。
子女抚养安排：这是协议中的关键部分，需要特别详细说明。
财产分割与债务处理：明确双方财产分割的方式和债务承担的责任。
协议生效时间与争议解决：说明协议的生效时间，并约定争议解决的方式。
二、子女抚养部分的撰写
针对您提出的特殊情况，即孩子归男方但实际由女方抚养，子女抚养部分应这样撰写：
抚养权归属：明确指出孩子的抚养权归男方所有。
实际抚养安排：详细说明虽然抚养权归男方，但孩子实际上将由女方抚养，包括日常生活的照顾、教育、医疗等。
抚养费支付：明确男方应支付的抚养费数额、支付方式和时间。例如，可以约定男方每月支付一定数额的抚养费给女方，用于孩子的日常生活和教育开支。
探望权：约定男方的探望权，包括探望的时间、地点和方式。确保男方能够定期与孩子见面，保持亲子关系。
特殊约定：如有其他特殊约定，如孩子未来的教育规划、医疗决策等，也应在协议中明确。
三、示例条款
以下是一个可能的示例条款：
“双方同意，婚生子/女（姓名）的抚养权归男方所有。然而，考虑到实际情况，双方一致同意孩子将由女方实际抚养，负责孩子的日常生活、教育和医疗等事务。男方承诺每月支付抚养费人民币XXXX元给女方，于每月15日前通过银行转账方式支付。男方享有定期探望孩子的权利，具体探望时间和方式由双方另行协商确定。”
四、注意事项
用词准确：在撰写协议时，务必确保用词准确、表述清晰，以避免日后产生不必要的纠纷。
尊重孩子意愿：在制定抚养安排时，应充分考虑孩子的意愿和利益，确保抚养安排符合孩子的最佳利益。
法律咨询：在最终确定协议内容前，建议双方咨询专业律师，确保协议的合法性和有效性。
综上所述，离婚协议中关于孩子抚养部分的撰写需要特别谨慎和详细。希望以上解答能够对您有所帮助。如有其他疑问或需要进一步的帮助，请随时咨询。