关于您提出的人身损害赔偿案件治疗时间超过三年诉讼时效该如何计算的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确人身损害赔偿诉讼时效的基本规定。根据相关法律法规，人身损害赔偿的诉讼时效期间一般为三年，从受害人知道或者应当知道自己的权利被侵害以及侵害人之日起计算。这一规定意味着，在通常情况下，受害人需要在三年内提起诉讼，以保护自己的合法权益。
然而，在实际操作中，可能会遇到一些特殊情况，导致诉讼时效的中止或中断。具体来说：
诉讼时效中止：如果诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力或其他障碍导致受害人不能行使请求权，那么诉讼时效将中止。从中止时效的原因消除之日起，诉讼时效期间将继续计算。例如，如果受害人在诉讼时效的最后六个月内因重病无法提起诉讼，那么在其康复后，诉讼时效将继续计算，但已经过去的六个月不计入诉讼时效期间。
诉讼时效中断：如果受害人在此期间内向义务人提出履行请求，或者义务人同意履行义务，那么诉讼时效将中断。从中断时起，诉讼时效期间将重新计算。例如，如果受害人在诉讼时效期间内向侵害人提出了赔偿要求，但双方未能达成协议，那么从提出要求之日起，诉讼时效将重新计算。
针对您提出的治疗时间超过三年的情况，如果治疗过程本身并没有导致受害人无法行使请求权（即没有构成诉讼时效中止的情形），且在此期间内受害人也没有向义务人提出履行请求或义务人没有同意履行义务（即没有构成诉讼时效中断的情形），那么根据现行法律规定，受害人可能会因超过诉讼时效而丧失胜诉权。
然而，值得注意的是，在某些特殊情况下，法院可能会根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。这通常适用于权利人因客观障碍在法定诉讼时效期间内无法行使请求权的情况。因此，如果您认为存在此类特殊情况，建议及时向法院提出申请并说明情况，以争取获得法院的支持。
综上所述，人身损害赔偿案件的诉讼时效计算是一个相对复杂的问题，需要根据具体情况进行具体分析。如果您在实际操作中遇到此类问题，建议咨询专业律师以获取更准确的法律意见和帮助。