农民工工资保证金应由施工总承包单位来缴纳。这一制度是为了保障农民工的合法权益，确保他们能够及时获得应有的劳动报酬。

一、法律依据

根据《工程建设领域农民工工资保证金规定》（人社部发〔2021〕65号），农民工工资保证金是施工总承包单位在银行设立账户并按照工程施工合同额的一定比例存储的专项资金，专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。这一规定明确了施工总承包单位作为缴纳主体的法律责任。

二、缴纳主体与责任

1. 施工总承包单位的责任：作为工程项目的承包方，施工总承包单位有义务在工程项目开工前按规定缴存农民工工资保证金。这是其法定义务，旨在保障农民工的合法权益。

2. 特殊情形的处理：

   • 若施工总承包单位所承包工程发生转包、违法分包，导致拖欠农民工工资的，分包单位在承诺代施工总承包单位先行缴纳工资保证金的情况下，可以被允许替代缴纳。但缴纳主体的法律责任仍归属于施工总承包单位。
   • 建设单位与施工总承包单位也可在工程施工合同中约定，由建设单位从应付工程款中代扣代缴存工资保证金。这种安排便于资金的管理和监控，但缴纳主体的法律责任同样归属于施工总承包单位。

三、未按规定缴存的后果

若施工总承包单位未能按规定缴存农民工工资保证金，相关部门将依法采取责令限期改正、罚款等措施，以确保制度的严格执行和农民工权益的有效保护。

四、总结与建议

农民工工资保证金制度是保障农民工合法权益的重要措施之一。施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，按时足额缴存保证金。同时，建议相关部门加强监管力度，确保制度的落实和执行。对于农民工而言，了解这一制度也有助于维护自身的合法权益。如有更多问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。