离婚时法院调解协议中可以写明农村耕地土地使用权的相关约定。但具体如何写，以及能否得到法院的支持和执行，需要根据实际情况和法律规定来具体分析。
首先，我们要明确农村耕地土地使用权的性质。在我国，农村耕地属于农村集体所有，农民只有土地承包经营权，而没有所有权。因此，在离婚时，夫妻双方不能对耕地本身进行分割，但可以对土地承包经营权进行协商处理。
接下来，我们看法院调解协议的性质。法院调解协议是双方当事人在法院主持下，自愿达成的解决纠纷的协议。它具有法律效力，可以作为执行依据。因此，如果双方当事人在调解协议中就土地承包经营权达成了共识，并且该共识不违反法律规定，那么法院是可以将这一内容写入调解协议的。
然而，需要注意的是，土地承包经营权具有一定的特殊性。它涉及到农村土地的集体所有制、农民的生存权益以及国家粮食安全等问题。因此，在处理土地承包经营权时，需要遵循相关法律法规和政策规定，确保农民的合法权益得到保障。
具体来说，在离婚时法院调解协议中写明农村耕地土地使用权时，需要注意以下几点：
明确土地承包经营权的归属：双方需要明确土地承包经营权是归哪一方所有，还是由双方共同享有。如果是共同享有，还需要进一步明确如何行使这一权利，比如谁负责耕种、谁负责收益等。
遵守相关法律法规：在协商土地承包经营权时，双方需要遵守相关法律法规和政策规定，不得损害国家、集体和他人的合法权益。比如，不能违反土地承包法的相关规定，不能损害其他村民的承包权益等。
考虑实际情况：在处理土地承包经营权时，还需要考虑实际情况。比如，如果一方已经离开了农村，不再从事农业生产，那么将土地承包经营权归另一方所有可能更为合理。或者，如果双方都有继续从事农业生产的意愿和能力，那么可以考虑将土地承包经营权进行分割或者共同享有。
综上所述，离婚时法院调解协议中可以写明农村耕地土地使用权的相关约定，但具体如何写以及能否得到法院的支持和执行，需要根据实际情况和法律规定来具体分析。如果你有具体的法律问题或者需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。