双程证申请劳工时，通常不会直接查询申请人在大陆的案底。下面我将从几个方面对此进行详细解释：

1. 双程证与劳动仲裁的关系：

   • 双程证（即往来港澳通行证）是内地居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动的旅行证件。
   • 劳动仲裁则是解决劳动者与用人单位之间劳动争议的一种法律程序。
   • 两者在性质、目的和办理流程上均存在显著差异，因此双程证的申请与劳动仲裁过程中是否查询大陆案底无直接关联。

2. 劳动仲裁的审查范围：

   • 劳动仲裁主要审查的是劳动者与用人单位之间的劳动关系、劳动合同的履行、劳动报酬、工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护等方面发生的争议。
   • 在劳动仲裁过程中，仲裁机构主要依据双方提供的证据和法律规定进行裁决，而不会主动查询申请人在其他领域的案底或记录。

3. 案底查询的权限与程序：

   • 案底通常指的是个人在司法机关留下的犯罪记录或不良记录。
   • 这些记录的查询需要遵循特定的法律程序和权限，且通常与具体的法律事务（如刑事诉讼、治安管理等）相关。
   • 在劳动仲裁过程中，除非有特定需要且符合法律程序，否则仲裁机构不会主动查询申请人的案底。

综上所述，双程证申请劳工时，通常不会直接查询申请人在大陆的案底。劳动仲裁过程主要关注劳动者与用人单位之间的劳动争议，而不会涉及申请人在其他领域的记录或案底。因此，您可以放心地申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。如有其他法律问题，欢迎随时向我咨询。