《中华人民共和国海关行政处罚裁量基准（一）》和《中华人民共和国海关行政处罚裁量基准（二）》的主要区别在于它们的适用范围和具体规定的内容。以下是详细分析：

一. 适用范围不同

1. 《裁量基准（一）》：主要适用于不追究刑事责任的走私行为、违反海关监管规定等违法行为的海关行政处罚案件。它针对的是海关监管过程中的一般违法行为，如走私、违规等，并提供了相应的裁量阶次和量罚标准。

2. 《裁量基准（二）》：则专门适用于海关检验检疫行政处罚案件。这包括国境卫生检疫、进出口食品安全、商品检验等领域的违法行为。它针对的是检验检疫过程中的特定违法行为，并提供了更为具体的裁量基准和处罚措施。

二. 具体规定内容不同

1. 《裁量基准（一）》：

   • 明确了不予行政处罚、减轻行政处罚、从轻行政处罚、一般行政处罚和从重行政处罚五个裁量阶次的具体适用情形。
   • 列出了“轻微违法免罚”“初次违法免罚”的事项清单，体现了对轻微和初次违法行为的宽容态度。
   • 对走私行为、“幅度罚”违规行为、固体废物违法行为等量罚标准进行了完善。

2. 《裁量基准（二）》：

   • 同样设定了不予行政处罚、减轻行政处罚、从轻行政处罚、一般行政处罚以及从重行政处罚五种裁量阶次。
   • 在国境卫生检疫、进出口食品安全、商品检验等领域选取了12项违法行为，使用清单列举的方式列明了不予处罚条件。
   • 对不同情节设定了处罚幅度，以确保执法尺度相对统一，并防范“一刀切”式裁量。

三. 总结

《裁量基准（一）》和《裁量基准（二）》在适用范围和具体规定内容上存在明显差异。前者主要适用于海关监管过程中的一般违法行为，后者则专注于检验检疫过程中的特定违法行为。因此，在实际应用中，需要根据违法行为的性质和类型，选择相应的裁量基准进行处罚。

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