贷款逾期可能会扣除支付宝余额，但具体是否会被扣除，取决于多种因素。
事先授权与合同条款：
- 如果你在申请贷款时，与贷款机构签订的借款合同中明确约定了逾期情况下机构有权从包括支付宝账户在内的相关账户划扣资金，并且该条款符合法律规定，那么贷款机构基于这种授权进行的划扣是合法的。
司法强制执行：
- 如果贷款机构通过合法司法途径获得生效判决，且你未履行判决义务，法院有权根据机构申请对你名下财产（包括支付宝账户）进行查询、冻结和划扣。此情形下的划扣属于司法强制行为，具有法律依据。
特定产品关联：
- 如果你使用的贷款产品与支付宝有直接关联，如支付宝内的借呗等，逾期后支付宝可能会根据借款协议中的条款自动扣款以偿还逾期贷款。
然而，如果贷款机构未经你授权或超越授权范围擅自划扣支付宝资金，这种行为可能构成侵犯你的财产权益。在这种情况下，你可以采取以下措施保护自己的权益：
- 核实划扣依据，并保留借款合同、支付宝交易记录等相关证据。
- 检查支付宝账户，看是否有未经授权的代扣协议，并尝试撤销或关闭自动划扣功能。
- 更改支付宝支付密码，加强账户安全设置。
- 如发现划扣存在不合理之处，先尝试与贷款机构协商解决；协商不成时，可向相关监管部门投诉或向法院提起诉讼维护合法权益。
总之，贷款逾期是否会被扣除支付宝余额，取决于你的借款合同条款、贷款机构的行为以及司法程序等因素。建议你仔细阅读借款合同，了解相关条款，并合理规划还款计划，以避免不必要的法律纠纷。