面对合作公司恶意减资，您应当首先评估减资的合法性与对公司的具体影响，并据此采取相应的法律措施。以下是我的详细分析：
一. 评估减资的合法性
检查减资程序：根据《公司法》第一百七十七条，公司需要减少注册资本时，必须编制资产负债表及财产清单，并通知、公告债权人。若合作公司未按照法定程序进行减资，则此减资行为可能违法。
分析减资动机：恶意减资往往伴随着逃避债务、损害股东或债权人利益等不正当目的。您需深入调查减资背后的真实动机，以判断其是否构成恶意。
二. 采取法律措施
请求撤销减资决议：若减资程序存在瑕疵或减资动机恶意，您可依据《公司法》第二十二条，请求人民法院撤销该减资决议。此途径适用于股东会或股东大会、董事会的会议召集程序、表决方式违反法律、行政法规或公司章程，或决议内容违反公司章程的情形。
追究责任：对于因恶意减资导致公司、股东或债权人利益受损的情况，您可依据相关法律法规，追究相关责任人的法律责任。这可能包括民事赔偿责任，甚至刑事责任。
债权保护：若您作为债权人受到影响，除请求撤销减资决议外，还可根据《公司法》第一百七十七条的规定，要求公司清偿债务或提供相应的担保。
三. 实际操作建议
收集证据：在采取任何法律措施前，请务必收集充分的证据，以证明合作公司恶意减资的事实。
与合作公司沟通：在采取法律手段前，尝试与合作公司进行沟通，了解其减资的真实原因，并寻求双方都能接受的解决方案。
及时咨询专业意见：在处理此类复杂问题时，及时咨询专业律师的意见，以确保您的权益得到充分保护。
我建议，您应根据合作公司恶意减资的具体情况，结合上述分析，采取相应的法律措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。