合伙人签订的出资和股份认定合资合作合同判决无效后，股东之间的出资和股份通常会恢复到合同订立前的状态，但具体处理需根据实际情况而定。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同无效的法律后果：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同无效后，因该合同取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。

2. 出资和股份的处理：

   • 出资返还：合同无效后，各合伙人原本依据合同投入的出资应当予以返还。如果出资已经转化为公司资产或已用于公司经营，且无法直接返还，则应当通过折价、拍卖等方式进行补偿。
   • 股份认定：合同无效意味着原合同中关于股份的约定也无效。因此，股东之间的股份比例需要重新确定。如果公司有明确的股东名册或工商登记信息，可以参照这些信息来确定股份比例。如果这些信息不明确或存在争议，则需要通过协商、诉讼等方式来解决。

3. 特殊情况的处理：

   • 第三方利益：如果合同无效涉及到第三方的利益（如债权人、其他股东等），则需要考虑第三方的权益保护问题。在处理出资和股份时，应确保不损害第三方的合法权益。
   • 公司运营影响：合同无效可能对公司运营产生重大影响。在处理出资和股份时，应充分考虑公司的稳定运营和持续发展，避免因此导致公司陷入困境。

4. 法律建议：

   • 在处理此类问题时，建议寻求专业律师的帮助，以确保合法权益得到妥善保护。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议，帮助解决纠纷并降低法律风险。

综上所述，合伙人签订的出资和股份认定合资合作合同判决无效后，股东之间的出资和股份处理需要根据实际情况而定。在处理过程中，应遵循法律法规的规定，确保各方的合法权益得到妥善保护。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。