针对您提出的“原乡镇企业及村办企业由于关停改制集体土地使用权证如何登记”的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，我们需要明确的是，原乡镇企业或村办企业因破产、关停、改制等原因不再使用集体土地时，其土地使用权的处理需遵循《土地管理法》的相关规定。具体来说，如果企业不再使用集体土地，应当报经原批准用地的人民政府批准后收回集体建设用地使用权。

若原乡镇企业或村集体企业因破产、兼并、改制等导致集体建设用地使用权发生转移，且现用地单位继续占用该土地且未改变批准用途的，可以按照集体土地所有权转移登记的流程办理相关手续。这包括提交集体建设用地使用权转移的材料，如不动产登记申请书、申请人身份证明、不动产权证书以及集体土地所有权转移的相关证明材料等。

在办理集体土地所有权转移登记时，需要遵循以下流程：

1. 申请：由转让方和受让方所在的集体经济组织、村民委员会或者村民小组代为申请。

2. 受理：登记机构对申请材料进行初步审查，符合规定的予以受理。

3. 审核：登记机构对申请材料进行审核，包括土地权属、用途、面积等是否符合规定。

4. 登簿：审核通过后，将相关信息录入不动产登记簿。

5. 发证：为申请人核发新的不动产权证书。

在提交申请材料时，除了上述提到的基本材料外，还需特别注意以下几点：

• 如果集体土地所有权人名称或者土地坐落发生变更，需要提交证实名称或者坐落发生变更的材料。
• 如果土地面积、界址范围等状况发生变化，需要提交导致这些变化发生的材料，以及变更后的地籍调查表、宗地图、宗地界址点坐标等地籍调查成果。

关于收费标准，一般来说，核发一本不动产权证书是不收取工本费的。但如果向一个以上不动产权利人核发权属证书，每增加一本证书可能会加收一定的证书工本费。

最后，需要注意的是，整个办理流程的时限可能因地区、政策等因素而有所不同。因此，在办理过程中，建议您及时咨询当地不动产登记机构或相关部门，以获取最准确的信息和流程指导。