如果京东被判恶意倒卖，首先需要明确具体的判罚内容以及相关的法律依据，然后依据具体情况采取相应的应对措施。

一. 明确判罚内容与法律依据

1. 判罚内容：根据你所提供的信息，京东对于恶意倒买倒卖商家的处罚政策有所变更，由原来的罚款40000元降至5000元，并且保证金服务费会退还至钱包，但会扣除5000元。这是京东内部的处罚政策，具体判罚可能会因情况而异。
2. 法律依据：恶意倒卖可能涉及违反相关法律法规，如《反不正当竞争法》等。但具体的法律依据需要根据京东被判恶意倒卖的具体行为、情节以及后果来确定。

二. 应对措施

1. 了解判罚详情：首先，你需要详细了解京东被判恶意倒卖的具体情况，包括判罚的原因、依据、罚款金额、是否涉及其他处罚等。
2. 咨询专业意见：虽然我是专业律师，但在此情况下，你仍然需要咨询专门处理此类案件的律师或法律机构，以获取更具体的法律意见和应对策略。
3. 准备证据材料：如果认为判罚有误或存在不公，可以准备相关证据材料，如交易记录、沟通记录等，以证明京东的行为并非恶意倒卖或存在其他减轻处罚的情节。
4. 提出申诉或复议：根据具体情况，可以向相关部门或机构提出申诉或复议，要求重新审查判罚的合理性与合法性。
5. 遵守判罚决定：如果判罚决定最终生效，且你认为无法再通过法律途径改变，那么应当遵守判罚决定，按时缴纳罚款或执行其他处罚措施。

我建议，在面对此类情况时，应保持冷静，理性分析判罚内容与法律依据，并采取合适的应对措施。如有进一步需要，您可以继续咨询我。