非显著性、不合法性的商标注册通常会被拒绝，拒绝理由主要基于商标法的相关规定，即商标缺乏显著特征或商标内容违法。以下是对此问题的详细分析：
一. 非显著性商标的拒绝理由
- 缺乏显著特征：根据《商标法》第九条，申请注册的商标，应当有显著特征，便于识别，并不得与他人在先取得的合法权利相冲突。如果商标缺乏显著特征，如过于简单、普通，或者仅描述了商品的特点、用途等，那么该商标就无法起到区分商品来源的作用，因此会被商标局拒绝注册。
- 例如，某公司申请注册“苹果”作为手机商标，但由于“苹果”是一种常见的水果名称，缺乏显著特征，因此该商标注册申请可能会被拒绝。
二. 不合法性商标的拒绝理由
- 违反法律法规：根据《商标法》第十条，下列标志不得作为商标使用：（一）同中华人民共和国的国家名称、国旗、国徽、国歌、军旗、军徽、军歌、勋章等相同或者近似的，以及同中央国家机关的名称、标志、所在地特定地点的名称或者标志性建筑物的名称、图形相同的；（二）同外国的国家名称、国旗、国徽、军旗等相同或者近似的，但经该国政府同意的除外；（三）同政府间国际组织的名称、旗帜、徽记等相同或者近似的，但经该组织同意或者不易误导公众的除外；（四）与表明实施控制、予以保证的官方标志、检验印记相同或者近似的，但经授权的除外；（五）同“红十字”、“红新月”的名称、标志相同或者近似的；（六）带有民族歧视性的；（七）带有欺骗性，容易使公众对商品的质量等特点或者产地产生误认的；（八）有害于社会主义道德风尚或者有其他不良影响的。如果商标内容违反了这些规定，如使用了国家名称、国旗、国徽等敏感元素，或者具有欺骗性、民族歧视性、不良影响等，那么该商标就会被商标局拒绝注册。
- 例如，某公司申请注册“中华人民共和国国旗”作为商标，由于这违反了《商标法》中关于不得使用国家旗帜作为商标的规定，因此该商标注册申请必然会被拒绝。
综上所述，非显著性、不合法性的商标注册被拒绝的理由主要基于商标法的相关规定。为了避免商标注册被拒绝，申请人在申请前应当仔细审查商标是否具有显著特征，以及是否违反法律法规的规定。如有进一步需要，您可以继续咨询我。