犯罪嫌疑人被拘留48小时后，其处理流程主要依据案件的具体情况和侦查的进展来决定。以下是对这一问题的详细解答：
一、初步处理与决定
在犯罪嫌疑人被拘留后的48小时内，派出所或公安机关应初步查清案情，包括犯罪嫌疑人的身份、涉嫌的犯罪行为以及相关证据等。基于这些初步调查结果，公安机关会作出是否采取进一步措施的决定。
二、后续处理措施
变更强制措施：
- 如果在48小时后，公安机关认为没有足够证据支持对犯罪嫌疑人的逮捕，或者认为采取其他强制措施更为合适，可能会变更强制措施，如取保候审或监视居住。
提请批准逮捕：
- 如果公安机关认为犯罪嫌疑人有逮捕必要，通常会在拘留后的3日以内，提请人民检察院审查批准逮捕。特殊情况下，这一时间可以延长1日至4日。
- 对于流窜作案、多次作案、结伙作案的重大嫌疑分子，提请审查批准的时间可以进一步延长至30日。
人民检察院的决定：
- 人民检察院在接到公安机关提请批准逮捕书后，应在7日内作出批准或不批准逮捕的决定。
- 如果批准逮捕，犯罪嫌疑人将继续被羁押；如果不批准逮捕，公安机关应立即释放被拘留人或者变更强制措施。
三、家属的权利与通知
- 获知拘留信息权：公安机关在拘留后24小时内（除非有特殊情况）应通知被拘留人的家属，告知拘留的原因和羁押处所。
- 申请变更强制措施权：家属如果认为被拘留人符合取保候审或监视居住条件，有权向司法机关申请变更强制措施。
四、后续法律程序
- 侦查阶段：公安机关会继续对案件进行侦查，收集证据，为后续的审查起诉阶段做准备。
- 审查起诉阶段：案件移送至人民检察院后，检察院会根据证据和法律规定决定是否提起公诉。
- 审判阶段：如果案件被提起公诉，将进入法院审判阶段，最终由法院根据事实和法律作出判决。
综上所述，犯罪嫌疑人被拘留48小时后的处理流程是一个复杂而严谨的过程，涉及多个法律程序和司法机关的决策。家属和犯罪嫌疑人应积极配合公安机关的调查工作，并依法行使自己的权利。