支付宝逾期后，银行卡有钱被秒扣，通常优先算作偿还逾期产生的费用、利息，然后才是本金。具体分析如下：

法律与合同依据

1. 合同条款：支付宝的相关服务协议中，通常会明确逾期还款的扣费顺序，一般先扣逾期费用（如违约金、滞纳金等），再扣利息，最后扣本金。
2. 法律法规：虽然具体扣费顺序可能因合同条款而异，但根据《民法典》关于合同履行和违约责任的相关规定，逾期还款应承担相应的违约责任，包括支付逾期利息等。

实际操作

1. 扣费流程：当支付宝账户逾期后，若用户银行卡内有资金，支付宝通常会按照服务协议中约定的扣费顺序进行自动扣款。
2. 通知与查询：扣款后，支付宝通常会向用户发送扣款通知，用户也可以登录支付宝账户查看详细的扣款记录和账单信息。

建议与注意事项

1. 及时还款：为避免逾期产生的额外费用和不良影响，建议用户按时还款，确保支付宝账户余额充足。
2. 查看合同：用户应仔细阅读支付宝的服务协议，了解逾期还款的相关条款和扣费顺序。
3. 咨询客服：如有任何疑问或需要进一步的帮助，可以联系支付宝客服进行咨询和查询。

综上所述，支付宝逾期后银行卡有钱被秒扣，通常优先算作偿还逾期产生的费用、利息，然后才是本金。用户应仔细了解合同条款，并按时还款以避免不必要的额外费用和麻烦。如有任何问题，可直接向我咨询。