公司设有多处生产机构是合法的。具体分析如下：

一. 公司设立多处生产机构的合法性

1. 法律依据：根据《公司法》的相关规定，公司可以根据其经营需要，在符合法律法规的前提下，自主决定设立分支机构或生产机构的地点和数量。只要公司的设立、变更等行为依法进行了登记，并遵守了相关法律法规，就是合法的。
2. 实际操作：在实际操作中，许多公司为了扩大生产规模、提高生产效率或满足市场需求，会在不同地区设立多个生产机构。这些生产机构可能以分公司、子公司、工厂、车间等形式存在，只要它们依法设立并运营，就是合法的。

二. 设立多处生产机构应注意的事项

1. 依法登记：公司在设立多处生产机构时，应依法向相关政府部门进行登记，包括工商登记、税务登记等，以确保其合法地位。
2. 遵守法律法规：公司在运营多处生产机构时，应严格遵守国家法律法规，包括安全生产、环保、劳动用工等方面的规定，以确保其合法合规运营。
3. 管理规范：公司应建立健全的管理制度，对多处生产机构进行统一管理和规范运营，以确保其生产效率和产品质量。

综上所述，公司设有多处生产机构是合法的，但公司在设立和运营多处生产机构时，应依法进行登记，并严格遵守国家法律法规和管理规范。如有进一步需要，您可以继续咨询我。