政府采购补充合同确实需要备案。根据相关法律法规，特别是您提到的政府采购法的相关规定，以及具体如内蒙古自治区财政厅关于规范政府采购合同相关事宜的通知，都明确了这一点。

具体来说，当政府采购合同履行中，采购人需要追加与合同标的相同的货物、工程或者服务时，在不改变合同其他条款的前提下，可以与供应商协商签订补充合同。但所有补充合同的采购金额不得超过原合同采购金额的百分之十。这是为了既满足采购人的实际需求，又避免重复采购带来的成本增加和效率降低。

同时，这些规定也强调了补充合同的备案要求。采购人自补充合同签订之日起七个工作日内，应当将补充合同的副本报同级财政部门和其他有关部门备案。这一规定确保了补充合同的合法性和合规性，便于相关部门进行监管和审计。

因此，对于政府采购补充合同，不仅需要按照法律法规的要求进行签订，还需要在规定的时间内完成备案手续，以确保采购活动的合法、合规和高效进行。