将垫付款充抵投资款是否合法，取决于具体的情况和双方的约定。以下是对这一问题的详细分析：

1. 依据双方约定：

   • 如果在双方的合同中明确约定了垫付款可以充抵投资款，或者双方后来达成了这样的书面协议，那么这种充抵行为就是合法的。它基于双方的合意，并受到法律的保护。

2. 未明确约定的情况：

   • 如果合同中并未明确约定垫付款可以充抵投资款，那么这种充抵行为就可能存在法律风险。此时，一方单方面将垫付款视为投资款，可能会构成对合同的违约，或者侵犯对方的合法权益。
   • 在这种情况下，如果双方无法就充抵事宜达成一致，可能需要通过法律途径来解决争议。法院将会根据双方的证据和法律规定，来判断这种充抵行为是否合法。

3. 法律建议：

   • 在进行垫付款和投资款的交易时，双方应该明确约定各自的权利和义务，包括垫付款的用途、投资款的支付方式、充抵的条件和方式等。这样可以避免后续的法律纠纷。
   • 如果双方已经发生了争议，建议尽快咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

综上所述，将垫付款充抵投资款是否合法，主要取决于双方的约定和具体的情况。在进行相关交易时，双方应该谨慎行事，明确约定各自的权利和义务，以避免后续的法律风险。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。