关于挂靠公司代开发票的法律规定，这确实是一个复杂且关键的问题，涉及到税务合规和刑事责任。以下是对此问题的详细解答：

一、挂靠经营与代开发票的基本背景

挂靠经营在建筑、运输、商贸等行业广泛存在，通常指挂靠方（个人或单位）借用被挂靠方的资质、名义承揽业务。在此模式下，一个核心税务问题是：被挂靠企业能否为挂靠方代开增值税发票，尤其是专用发票？

二、法律规定与解读

1. 核心原则：

   • 业务真实：发票必须真实反映实际发生的交易。
   • 主体一致：开票方与业务实际提供方应一致。
   • 三流合一：资金流、货物流（或服务流）、发票流应相互匹配。

2. 国家税务总局2014年第39号公告：

   • 明确了不属于“对外虚开增值税专用发票”的条件，即真实交易、款项流向一致、票实相符。
   • 解读部分针对挂靠经营明确了两种情形：
     • 情形一（合法）：挂靠方以被挂靠方名义对外销售货物、提供劳务或服务，被挂靠方开票合法。
     • 情形二（高危违法）：挂靠方以自己的名义对外经营，被挂靠方仅出借资质并开票，属于虚开。

3. 最高人民法院复函（法研[2015]58号）：

   • 进一步明确了涉刑界限，与39号公告精神一致。
   • 合法开票不涉刑：挂靠方以被挂靠方名义经营并开票，不属于虚开增值税专用发票罪。
   • 无骗税故意、无税款损失可能不涉“虚开”刑责。

三、实务建议与风险提示

1. “名义”是生死线：

   • 被挂靠企业能否开票，核心在于业务开展时对外使用的名义主体。
   • 仅凭“挂靠协议”不等于可以随意开票，情形二绝对禁止开票。

2. 业务真实是基础：

   • 所有开票必须基于真实发生的交易，虚构业务、变名开票等都是虚开。

3. 三流管理要规范：

   • 在合法开票情形下，确保合同流、货物流/服务流、资金流清晰、一致、可验证。

4. 被挂靠方责任重大：

   • 必须对以其名义开展的经营活动和开票行为负全责。
   • 严格审核挂靠方资质和项目真实性，建立完善的内部管控和财务核算制度。

5. 挂靠方风险同样高：

   • 在情形二下要求被挂靠方开票或接受他人为自己虚开的发票，面临偷逃税处罚乃至刑事责任风险。

6. 刑事风险不容小觑：

   • 虚开增值税专用发票罪起刑点低，刑罚严厉。务必敬畏法律红线。

综上所述，挂靠公司代开发票必须严格遵守相关法律规定和税务合规要求。无论是挂靠方还是被挂靠方，都应深刻理解政策本质，坚守“业务真实、主体一致”原则，完善内控机制，规范操作流程，以确保合法合规经营。