经济补偿的计算基数是应发工资，而非实发工资。

应发工资是劳动者在正常劳动下，用人单位应支付的各种报酬的总和，这包括了基本工资、奖金、津贴、补贴等货币性收入。而实发工资则是扣除了个人所得税、社会保险费、住房公积金等费用后，劳动者实际到手的金额。

在计算经济补偿时，我们依据的是《中华人民共和国劳动合同法》及其实施条例的相关规定。根据这些规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限来计算，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。这里的“月工资”明确指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均应发工资。

具体计算时，需要将劳动者在劳动合同解除或终止前十二个月内的各项应发收入相加，然后除以12，得到平均月应发工资。再依据这个平均月应发工资和劳动者在本单位的工作年限，来计算出经济补偿的金额。

因此，经济补偿的计算基数是应发工资，这样更能全面、准确地体现劳动者的劳动报酬和对其工作的补偿。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。