破坏交通工具罪与以危险方法危害公共安全罪的主要区别在于犯罪手段、侵犯的客体以及行为人的主观故意。

一. 犯罪手段不同

1. 破坏交通工具罪：犯罪手段特定，即破坏火车、汽车、电车、船只、航空器等交通工具，使其发生倾覆、毁坏危险。例如，某人在火车轨道上放置巨石，导致火车有倾覆的危险，就构成了破坏交通工具罪。
2. 以危险方法危害公共安全罪：犯罪手段不特定，是指使用与放火、决水、爆炸、投放危险物质等危险性相当的其他危险方法，危害公共安全。例如，某人在公共场所投放自制炸弹，虽然未造成实际损害，但足以危及公共安全，就构成了以危险方法危害公共安全罪。

二. 侵犯的客体不同

1. 破坏交通工具罪：侵犯的客体是交通运输的安全，即特定交通工具的运行安全。
2. 以危险方法危害公共安全罪：侵犯的客体是社会公共安全，即不特定多数人的生命、健康或者大量公私财产的安全。这种安全是更广泛、更抽象的。

三. 行为人的主观故意不同

1. 破坏交通工具罪：行为人可能出于故意或过失破坏交通工具，但无论其主观故意如何，只要其行为足以使交通工具发生倾覆、毁坏危险，就构成此罪。
2. 以危险方法危害公共安全罪：行为人在主观上必须是故意，即明知自己的行为会危害公共安全，仍然希望或放任这种结果的发生。例如，某人故意在公共场所投放危险物质，就是希望或放任危害公共安全的结果发生。

我建议，在区分这两种罪名时，要重点关注犯罪手段、侵犯的客体以及行为人的主观故意。同时，也要结合具体案件的事实和证据，进行综合分析和判断。如有进一步需要，您可以继续咨询我。