关于行政机关行政处罚调查期限的规定，以下是详细的解答：

一、核心结论

行政机关在行政处罚案件中的调查期限，一般应当自立案之日起九十日内作出行政处罚决定。但在特定情况下，如法律、法规、规章另有规定，或者因案情复杂需延长调查期限的，需按照相关规定执行。

二、详细解释

1. 一般规定：

   • 根据《中华人民共和国行政处罚法》第六十条，行政机关应当自行政处罚案件立案之日起九十日内作出行政处罚决定。这是行政处罚调查期限的一般性规定。

2. 特殊情况：

   • 若法律、法规、规章对行政处罚调查期限另有规定，则从其规定。这意味着，在某些特定领域或情况下，调查期限可能会有所不同，需依据具体法律法规执行。
   • 对于案情复杂、证据收集困难或涉及多个法律关系等特殊情况，行政机关可能需要延长调查期限。此时，应按照相关法律法规或内部规定办理延长手续，并确保延长后的期限合理且必要。

3. 调查取证时限：

   • 行政处罚调查取证期限一般不得超过30日。但在案情复杂且确需延长的情况下，经行政机关负责人批准，可以延长，但延长不得超过30日。这一规定旨在确保行政机关在合理时间内收集证据，保障行政处罚的合法性和公正性。

4. 立案时限：

   • 对于通过各种监督检查手段获得的案件线索，相关执法机构应当在实施监督检查后的五个工作日之内进行深入细致的核查工作，并且应当在完成核查之后立即办理立案手续。
   • 对于由投诉、申诉、举报以及其它机关移送或上级机关交办的案件线索，相关执法机构则应当在接到相关材料之日起的七个工作日之内开展全面深入的核查工作，完成核查之后及时办理立案手续。
   • 在特殊情况下，如当事人身份无法确认、法律适用需协商或证据不足等，立案时限可适当延长至十五个工作日。

三、法律建议

在面临行政处罚调查时，当事人应积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关信息和证据。同时，也应关注行政机关的调查期限，确保自身权益不受侵害。若对行政机关的调查行为或决定有异议，可及时咨询专业律师，寻求法律帮助。

综上所述，行政机关行政处罚调查期限的规定是确保行政处罚合法性和公正性的重要保障。当事人应了解并遵守相关规定，以维护自身合法权益。