合同扫描件在特定情况下是可以被视为有效的，但这取决于多个因素，并且需要结合其他证据和案件具体情况来进行判断。

首先，从法律角度来看，原件通常具有最强的证据能力，可以直接作为认定案件事实的根据。相比之下，复印件、扫描件、传真件等虽然也具有一定的证明力，但并不能完全取代原件。这是因为这些复制件存在被篡改、伪造或误传的可能性，因此其真实性需要更加谨慎地审查。

在涉及合同扫描件的案件中，法院会根据当事人提交的证据情况，综合考虑各种因素来判断合同扫描件的有效性。这些因素包括但不限于：合同双方的商事关系、交易时间和金额、当事人的陈述、以及其他相关证据（如发货单、对账函、发票等）的佐证。如果合同扫描件能够与其他证据相互印证，形成完整的证据链，那么法院有可能会认定该扫描件具有法律效力。

然而，为了避免不必要的纠纷和风险，建议在签订合同时尽量避免采用线上传输盖章扫描件的方式。如果确实需要采用这种方式，双方应该确保扫描件的清晰度和完整性，并且在事后尽快要求对方补寄加盖公章的合同原件。同时，保留好所有与合同履行相关的证据原件，以便在需要时能够提供充分的证明。

综上所述，合同扫描件在特定情况下可以被视为有效，但其有效性需要综合考虑多种因素，并且需要与其他证据相互印证。为了确保合同的有效性和安全性，建议尽量采用原件进行签订和保存。