供应商超过投标保证金缴纳保证金，不能直接废标。

在招投标活动中，投标保证金是投标人随投标文件一同递交给招标人的一种责任担保形式，旨在确保投标人在投标过程中及中标后的合同履行阶段能够遵守相关规定和承诺。如果供应商超过了投标保证金的规定金额进行缴纳，这通常被视为供应商对自身投标行为的一种额外担保，并不会因此直接导致废标。

招标人在收到投标保证金后，会按照招标文件的规定进行管理和处理，不会因为保证金的多交或少交而轻易判定废标。对于多交的保证金，招标人可能会根据招标文件的规定选择全额退还、部分退还或不予退还等处理方式，但这并不构成废标的理由。

废标通常发生在以下情形：有效投标人不足三家、采购的公正性受到影响、投标报价均超过了采购预算、采购任务取消等。这些情形破坏了招标要求的公正、公平的环境，或者使得招标活动无法继续进行，因此才会导致废标。

综上所述，供应商超过投标保证金缴纳保证金，并不能直接废标。招标人应根据招标文件的规定和法律法规的要求，对投标保证金进行管理和处理，并确保处理方式的公平性和公正性。如果供应商对投标保证金的处理有任何疑问或异议，可以向招标人提出，或者通过法律途径进行维权。