农村合作社欠款起诉的流程与其他民事欠款起诉的流程基本一致，费用则根据诉讼请求的金额按比例收取。以下是详细的流程和费用说明：

一. 起诉流程

1. 立案：首先，农村合作社需要撰写起诉状，明确写明原被告的信息、诉讼请求（即要求欠款人还款的具体金额和理由）、事实和理由。同时，准备好相关证据，如借条、转账记录、合同等，以证明欠款事实的存在。然后，将这些材料提交给有管辖权的法院（通常是被告住所地或者合同履行地的法院）的立案庭。法院会对立案材料进行审查，若符合条件就会受理案件。

2. 送达：法院立案后，会将起诉状副本等材料送达给被告，以便被告了解诉讼内容并准备答辩。

3. 开庭：法院会确定开庭时间，原被告双方都需要到法庭参加庭审。庭审过程中，双方会进行举证、质证和辩论等活动，以明确案件事实。

4. 判决：法院会根据庭审的实际情况和法律规定，作出判决。如果判决支持农村合作社的诉讼请求，那么欠款人需要按照判决来履行还款义务。

二. 诉讼费用

诉讼费用是根据诉讼请求的金额按比例收取的，具体标准如下：

• 诉讼请求金额不超过1万元的，每件交纳50元；
• 超过1万元至10万元的部分，按照2.5%交纳；
• 超过10万元至20万元的部分，按照2%交纳；
• 以此类推，直至超过2000万元的部分，按照0.5%交纳。

诉讼费用由原告（即农村合作社）预先缴纳，最后由败诉方来承担。如果农村合作社胜诉，那么诉讼费用将由欠款人承担。

我建议：在起诉前，农村合作社应该充分收集和整理证据，确保能够证明欠款事实的存在。同时，也要了解清楚诉讼费用和流程，以便更好地维护自己的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。