未满16周岁打架斗殴通常不会留案底。案底一般指犯罪记录，即经法院审判被认定有罪的情况。对于未满16周岁的未成年人打架斗殴，具体是否会留案底，需视情况而定：
若打架斗殴行为情节较轻，未达到刑事立案标准：
- 这种情况下，未成年人可能只是受到公安机关的治安管理处罚，比如警告、罚款等，但并不会留下刑事案底。
- 根据《中华人民共和国治安管理处罚法》第十二条，已满十四周岁不满十八周岁的人违反治安管理的，会从轻或者减轻处罚。
若打架斗殴行为构成犯罪：
- 比如达到故意伤害罪、聚众斗殴罪等的入罪标准，经法院审判被判定有罪，就会留下刑事案底。
- 但值得注意的是，为了保护未成年人权益，犯罪时不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。
综上所述，未满16周岁打架斗殴是否会留案底，主要取决于打架斗殴行为的严重程度以及后续是否受到行政处罚或刑事处罚。如果行为情节较轻，未达到刑事立案标准，通常不会留下案底。如果行为构成犯罪，虽然会留下案底，但根据法律规定，对未成年人的犯罪记录有特殊的封存制度，以减轻对其未来生活的影响。