公司签署保密协议是合法的。从法律角度来看，公司基于商业秘密保护等合理目的与员工签订保密协议，是为了维护自身的合法权益。以下是对此问题的详细分析：
法律依据：
- 根据《劳动合同法》第二十三条，用人单位与劳动者可以在劳动合同中约定保守用人单位的商业秘密和与知识产权相关的保密事项。
保密协议的合理性与必要性：
- 保密协议能保护公司的商业秘密、技术秘密等重要信息不被泄露，从而维护公司的核心竞争力和经济利益。
- 保密协议也有助于规范员工行为，增强员工的保密意识。
保密协议的有效性条件：
- 保密协议的条款必须符合法律规定，如约定的保密范围应合理、保密期限应适当、补偿条款应合法等。
- 在签订保密协议时，公司应明确告知员工保密的具体内容、范围、期限等关键信息，员工也应认真履行保密义务。
违反保密协议的法律后果：
- 若员工违反保密协议，公司有权依据协议约定追究其违约责任，要求其承担赔偿损失等责任。
综上所述，公司签署保密协议是合法的，且在公司经营管理中具有重要作用。然而，公司在签订保密协议时也应遵循合法、合理、公平等原则，确保协议的有效性和可操作性。同时，员工在签订保密协议后也应严格履行保密义务，以避免可能的法律责任。如有任何关于保密协议的具体问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。