工程完工的保函主要包括以下几种：

1. 履约保函：这是由承包商向业主提供的，旨在保证承包商将按照合同约定履行各项义务，如按时完工、保证工程质量等。如果承包商违约，业主可以依据履约保函获得经济补偿。

2. 质量保函：质量保函是承包方通过担保人开立的，保证在工程质量不符合合同约定而承包方又未能依约修理或质保时，由担保人按发包方的索赔予以赔偿的书面承诺。这种保函确保了工程在完工后的一段时间内，如果出现质量问题，承包方将承担相应的维修责任。

3. 农民工工资支付保函：这是施工企业向建设行政主管部门或农民工工资监管部门出具的担保，旨在保证施工企业会按时、足额支付农民工的工资。如果施工企业未能履行支付义务，担保人将按照保函的约定支付工资，从而保障农民工的合法权益。

这三种保函在工程项目中扮演着重要的角色，它们不仅为业主提供了额外的保障，也促使承包商更加重视合同的履行和工程质量的把控，同时还保障了农民工的合法权益。如果你在具体操作中遇到任何问题，或者需要进一步的法律咨询，可以直接向我提问。