签了顺风车合作协议，公司让司机线下收款是不合法的。以下是对此问题的详细分析：

1. 合同约定的效力：

   • 顺风车合作协议作为双方自愿达成的约定，应当明确双方的权利和义务，包括收款方式、金额、时间等。
   • 如果合同中明确规定了收款方式（如线上支付），而公司却要求司机线下收款，这明显违反了合同的约定。

2. 法律法规的约束：

   • 根据相关法律法规，如《中华人民共和国合同法》等，合同一旦签订，双方都应严格按照合同约定履行各自的义务。
   • 公司要求司机线下收款，可能涉及偷税漏税、违反财务规定等问题，这不仅违反了合同约定，也可能触犯了相关法律法规。

3. 对司机的影响：

   • 线下收款可能导致司机面临法律风险，如被税务部门查处、被公司追究违约责任等。
   • 同时，线下收款也可能影响司机的收入保障和权益维护，因为缺乏线上支付记录作为证据，司机在维权时可能面临困难。

4. 建议与措施：

   • 司机应首先与公司沟通，明确表示线下收款的不合法性，并要求公司按照合同约定执行。
   • 如果公司坚持要求线下收款，司机可以考虑向相关部门举报或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

综上所述，签了顺风车合作协议后，公司让司机线下收款是不合法的。司机应坚决拒绝这一要求，并采取措施维护自己的合法权益。如果你在这方面遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。