因出资程序瑕疵一般不影响认定实缴出资。具体分析如下：

首先，根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，股东应当按期足额缴纳公司章程中规定的各自所认缴的出资额。股东以货币出资的，应当将货币出资足额存入有限责任公司在银行开设的账户。然而，在实际操作中，可能存在出资程序上的瑕疵，比如未将出资额直接存入公司账户，而是通过其他方式或途径进行了出资。

对此，法律并未明确规定出资程序瑕疵会导致出资无法认定为实缴。相反，如果股东能够举证证明其已经实际出资，并且该出资确实用于了公司的经营或发展，那么即使出资程序上存在瑕疵，也应当认定该出资为实缴出资。

例如，在某案例中，股东赵某向公司转账了部分出资款，并委托案外人向公司实际控制人转账剩余出资款用于公司前期装修。尽管出资程序上存在瑕疵，即未全部将出资额存入公司账户，但法院最终认定赵某已经实际出资了全部认缴金额，完成了出资义务。

因此，在处理因出资程序瑕疵是否影响认定实缴出资的问题时，应当综合考虑股东的实际出资情况、出资的用途以及公司的认可程度等因素。如果股东能够提供充分的证据证明其已经实际出资，并且该出资确实用于了公司的经营或发展，那么应当认定该出资为实缴出资，而不应仅仅因为出资程序上的瑕疵而予以否定。

同时，为了避免后续产生争议，建议公司在股东出资时，应当严格按照法律规定和公司章程的要求进行出资程序，确保出资的合法性和有效性。如果确实存在出资程序瑕疵，也应当及时作出款项性质的认定决议，并在公司成立后，及时向股东签发出资证明书，以补足该出资程序瑕疵，保护已出资股东的合法权益。