住院治疗期间等待公安机关抓捕，一般能认定自首。以下是详细分析：

自首的认定条件

自首，是指犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的行为。被采取强制措施的犯罪嫌疑人、被告人和正在服刑的罪犯，如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行的，以自首论。

住院治疗期间等待抓捕与自首的关系

1. 自动投案：虽然住院治疗期间并非主动到公安机关投案，但如果犯罪嫌疑人在得知公安机关正在对其追捕后，没有选择逃匿，而是选择在住院治疗期间等待公安机关抓捕，这种行为在本质上与主动投案具有相似的性质，即都体现了犯罪嫌疑人主动将自己置于司法机关控制之下的意愿。

2. 如实供述：等待抓捕的过程中，如果犯罪嫌疑人能够如实供述自己的罪行，那么就更符合自首的构成要件。

3. 特殊情形的考量：住院治疗期间等待抓捕，可能因身体原因无法亲自到公安机关投案。在这种情况下，如果犯罪嫌疑人确实无法行动，且已经通过其他方式（如电话、家属通知等）明确表示愿意接受公安机关的处理，那么这种等待抓捕的行为也应当被视为自首。

法律依据

《最高人民法院关于处理自首和立功具体应用法律若干问题的解释》第一条规定：“根据刑法第六十七条第一款的规定，犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。（一）自动投案，是指犯罪事实或者犯罪嫌疑人未被司法机关发觉，或者虽被发觉，但犯罪嫌疑人尚未受到讯问、未被采取强制措施时，主动、直接向公安机关、人民检察院或者人民法院投案……（三）共同犯罪案件中的犯罪嫌疑人，除如实供述自己的罪行，还应当供述所知的同案犯……”。该解释对自首的认定条件进行了明确规定，其中并未排除住院治疗期间等待抓捕的情形。

综上所述，住院治疗期间等待公安机关抓捕，如果犯罪嫌疑人能够如实供述自己的罪行，一般能够认定自首。这一结论既符合自首的认定条件，也体现了宽严相济的刑事政策。