当公司账户被冻结时，确实会对公司的正常运营和支付功能造成一定影响。关于您提出的“是否可以由员工代付款”的问题，这并非直接可行的解决方案，但我可以为您提供一些合法且实际可行的建议来应对这一困境。
首先，要明确的是，公司账户被冻结后，应首要查明冻结原因，并尽快采取措施解冻账户。这包括联系采取冻结措施的机关，了解冻结的具体原因，并根据情况采取相应的解冻措施，如提供必要的证明材料、整改并履行相关义务等。
在账户解冻之前，若公司需要继续履行支付义务，可以考虑以下几种方式：
使用未冻结账户：检查公司是否还有其他未被冻结的银行账户，如果有，可以利用这些账户进行支付。
法定代表人或股东代付：在公司内部合法授权后，法定代表人或股东可以使用个人账户代公司支付款项。但此行为需有明确的代付协议，并在公司财务账目中准确记录，以确保财务的透明性和合规性。
申请解冻部分资金：向冻结机关提出申请，证明某笔付款的必要性，如员工工资、供应商货款等，请求解冻部分资金用于特定支付。这需要提供相关证明材料以支持申请。
至于员工代付款，这并不是一个推荐的做法。因为员工个人并没有义务承担公司的支付责任，且这种做法可能涉及税务、法律等方面的风险。如果确实需要员工暂时垫付款项，应确保有明确的借款协议，并尽快归还员工垫付的资金。
综上所述，当公司账户被冻结时，应首先查明原因并采取措施解冻账户。在解冻之前，可以利用其他未冻结账户、法定代表人或股东代付、申请解冻部分资金等方式来履行支付义务。而员工代付款并非推荐做法，应谨慎考虑并避免涉及相关风险。