往来款长期未清理确实可能违反相关财经法规。具体分析如下：

一. 违反的法规

1. 《行政单位财务规则》的相关规定：根据财政部《行政单位财务规则》（财政部令第71号）第三十七条，行政单位应当加强应收及暂付款项的管理，严格控制规模，并及时进行清理，不得长期挂账。该条款明确规定了行政单位对往来款项的管理要求，长期未清理的往来款项将违反这一规定。

2. 《部门决算管理制度》的相关规定：财政部《部门决算管理制度》（财库〔2013〕209号）第十七条也规定，行政、事业单位应当按照财务会计制度规定及财政部门对部门预算的批复文件，及时清理收支账目、往来款项。这进一步强调了及时清理往来款项的重要性，并作为财务管理的一项基本要求。

二. 实际案例

• 例如，在某镇党政主要领导的经济责任审计中，发现该镇存在长期未清理的往来款项，共计数百万元。这一行为就违反了《行政单位财务规则》关于及时清理往来款项的规定。
• 再如，某局在预算执行和其他财政收支情况审计中，被查出存在超三年未清理的往来款项，这也违反了《部门决算管理制度》的相关规定。

我建议，对于往来款项的清理，各单位应建立健全的管理制度，明确清理责任和时限，确保往来款项的及时、准确清理，以避免违反财经法规的风险。同时，财务部门也应加强对往来款项的监督和检查，确保财务管理的规范性和合规性。如有进一步需要，您可以继续咨询我。