针对“高速公路污染纠纷由谁处理”的问题，以下是根据相关法律法规及实际处理案例提供的详细解答：

首先，从法律层面来看，《中华人民共和国公路法》（2017年修订本）第七十七条明确规定，对于造成公路路面损坏、污染或者影响公路畅通的行为，由交通主管部门责令停止违法行为，并可以处五千元以下的罚款。这表明，交通主管部门是处理高速公路污染纠纷的法定责任主体。

具体来说，在处理高速公路污染纠纷时，交通主管部门（如市交通运输局）会遵循一系列程序来确保公正、有效地处理纠纷。这些程序包括立案、调查、审查、告知、决策、决定、送达和执行等。在调查过程中，交通主管部门会指定专人负责，及时组织调查取证，并听取当事人的辩解陈述。在作出行政处罚前，还会制作《违法行为通知书》送达当事人，告知其违法事实及享有的陈述、申辩等权利。

此外，实际处理案例也为我们提供了有益的参考。例如，在湘潭市雨湖区鹤岭镇双泉村村民反映的许广高速噪音扰民一事中，市交通运输局组织了多个相关部门共同走访核实举报信息，并就相关问题进行调解。最终，在多方协调下，明确了该地的噪音问题应由省高速集团公司解决，并启动了相应的降噪措施施工流程。

综上所述，高速公路污染纠纷主要由交通主管部门负责处理。在处理过程中，交通主管部门会遵循法定程序，确保公正、有效地解决纠纷。同时，实际处理案例也为我们提供了有益的参考和借鉴。如果遇到高速公路污染纠纷，建议及时向当地交通主管部门反映情况，并积极配合其进行调查和处理工作。