集体企业变更法人时，最怕的三个原因主要是可能导致企业债务承担风险、经营许可受影响以及企业内部管理混乱。下面我将详细分析这三个原因：

一. 企业债务承担风险

1. 法人变更不影响债务承担：根据《民法典》第六十七条的规定，法人合并的，其权利和义务由合并后的法人享有和承担。法人分立的，其权利和义务由分立后的法人享有连带债权，承担连带债务，但是债权人和债务人另有约定的除外。这意味着，即使法人变更，企业原有的债务仍然需要由变更后的法人承担，这可能导致新法人面临未知的债务风险。
2. 实例说明：假设一个集体企业原本负债累累，如果此时变更法人，新法人将需要承担这些债务，这可能对新法人的财务状况造成严重影响。

二. 经营许可受影响

1. 特定行业需要法定代表人资格：在某些特定行业，如金融、医疗等，企业的法定代表人需要具备一定的资格和条件。如果变更后的法人不具备这些资格，可能导致企业的经营许可受到影响。
2. 实例说明：比如，一家集体企业从事医疗业务，其法定代表人需要具备相应的医疗资质。如果变更后的法人没有这种资质，那么企业可能无法继续经营医疗业务。

三. 企业内部管理混乱

1. 法人变更可能导致管理层变动：法人变更往往伴随着企业高层管理人员的变动，这可能导致企业内部管理出现混乱，影响企业的正常运营。
2. 实例说明：一个集体企业在变更法人后，新的法人可能带来自己的管理团队和经营理念，这可能与原有的企业文化和管理模式产生冲突，导致内部管理混乱。

综上所述，集体企业在变更法人时，需要充分考虑可能带来的债务承担风险、经营许可影响以及内部管理混乱等问题。因此，在决定变更法人之前，企业应进行全面的评估和准备，以确保变更过程的顺利进行和变更后的企业稳定发展。如有进一步需要，您可以继续咨询我。