《公司法》第54条与《公司法司法解释（三）》第13条的主要区别在于它们在公司不能清偿到期债务时，对股东出资责任的不同规定。
《公司法》第54条的规定：
- 核心内容：公司不能清偿到期债务的，公司或者已到期债权的债权人有权要求已认缴出资但未届出资期限的股东提前缴纳出资。
- 解读：这一条款明确了在公司无法偿还到期债务的情况下，债权人有权要求股东提前履行其出资义务，以增强债权人的保障。这实际上是一种股东出资加速到期的制度。
《公司法司法解释（三）》第13条的规定：
- 核心内容：公司债权人请求未履行或者未全面履行出资义务的股东在未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任的，人民法院应予支持。
- 解读：这一条款规定了在公司不能清偿债务时，债权人可以要求未履行或未全面履行出资义务的股东承担补充赔偿责任。这里的关键是股东需要在其未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担责任。
两者的区别主要在于：
- 责任性质不同：《公司法》第54条要求股东提前缴纳出资，是一种出资加速到期的制度；而《公司法司法解释（三）》第13条则要求股东承担补充赔偿责任，是一种对债权人损失进行补救的制度。
- 资金去向不同：根据《公司法》第54条，股东提前缴纳的出资进入公司账户，由公司统一支配；而根据《公司法司法解释（三）》第13条，股东承担的补充赔偿责任则直接支付给债权人。
- 适用条件不同：《公司法》第54条适用于公司不能清偿到期债务且股东有未届出资期限的认缴出资；而《公司法司法解释（三）》第13条则适用于股东未履行或未全面履行出资义务的情况。
总结：
《公司法》第54条与《公司法司法解释（三）》第13条在公司不能清偿到期债务时，对股东出资责任的规定有所不同。前者是要求股东提前缴纳出资，以增强公司偿债能力；后者则是要求股东在其未出资本息范围内对公司债务不能清偿的部分承担补充赔偿责任。两者在责任性质、资金去向和适用条件上均存在区别。在实际应用中，应根据具体情况选择适用的法律条款。