公司在税务登记的办税人与实际办税人不一致是不合法的。

根据税收相关法律法规，公司在进行税务登记时，需要如实填写相关信息，包括办税人员的姓名、身份证件号码等。如果税务登记的办税人与实际办税人不一致，可能涉及虚假申报或违反税收管理规定，这将面临相应的法律责任。

具体来说，不一致的情况可能导致以下后果：

1. 税务行政处罚：税务机关在发现办税人员信息不一致时，可能会对公司进行行政处罚，如罚款、警告等。
2. 税务风险增加：信息不一致可能引发税务机关对公司的税务情况进行更深入的审查，从而增加公司的税务风险。
3. 信用记录受损：此类违规行为可能会影响公司的信用记录，对公司未来的经营和发展产生不利影响。

因此，建议公司务必确保税务登记的办税人与实际办税人保持一致，以避免不必要的法律风险。如果因人员变动等原因导致信息不一致，应及时向税务机关办理变更登记手续，确保信息的准确性和合规性。

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