婚前财产协议只留一份于女方，只要协议内容合法且是双方真实意愿的表达，那么这份协议通常是有效的。下面我为您详细解释：

1. 协议的有效性：

   • 根据《民法典》的相关规定，男女双方可以对婚姻关系存续期间所得财产以及婚前财产的归属进行约定。这种约定，只要双方具有相应的民事行为能力，意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，就具有法律效力。
   • 因此，即使婚前财产协议只有一份，并且留在女方手中，只要它满足了上述条件，就是有效的。

2. 协议的签订与保管：

   • 婚前财产协议应当采用书面形式，并且最好由双方各自保管一份，以便在需要时能够方便地查阅和证明。
   • 然而，如果因为某些原因只有一份协议，并且这份协议被女方保管，那么只要协议内容真实、合法，它仍然是有效的。男方可以通过其他方式（如拍照、复印等）来保留协议的副本，以确保自己的权益。

3. 可能出现的情况：

   • 如果男方后来对协议内容产生异议，或者认为自己在签订协议时受到了欺诈或胁迫，那么他可以在知道或应当知道撤销事由之日起一年内，请求法院撤销该协议。
   • 但是，这需要男方提供充分的证据来证明自己的主张，否则法院可能不会支持他的请求。

综上所述，婚前财产协议只留一份于女方，只要协议内容合法且是双方真实意愿的表达，那么这份协议就是有效的。当然，为了更好地保障双方的权益，建议双方在签订协议后各自保管一份，并妥善保存。如果您有任何关于婚前财产协议的问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。