在非法经营罪中，申请办理相关证件的行为本身并不能直接对案件的定性或量刑产生帮助。非法经营罪主要关注的是行为人是否违反了国家规定，进行了非法经营活动，以及这些活动的情节是否严重。下面我将从不同角度对这个问题进行分析：

1. 证件与非法经营的关系：

   • 如果申请办理的证件是为了掩盖非法经营活动，或者证件本身就是通过非法手段获得的，那么这些证件不仅不能帮助行为人脱罪，反而可能成为证明其犯罪意图和行为的证据。
   • 如果申请办理的证件是合法的，且行为人确实按照证件所允许的范围进行经营活动，但由于其他因素（如超出经营范围、未取得其他必要许可等）被认定为非法经营，那么这些证件虽然不能直接证明行为人的无罪，但可能在量刑时作为酌定情节被考虑。

2. 法律后果：

   • 非法经营罪的法律后果包括刑罚（如有期徒刑、拘役、罚金等）和可能的行政处罚（如没收违法所得、吊销营业执照等）。申请办理相关证件并不能免除这些法律后果。
   • 在某些情况下，如果行为人能够证明其有积极改正错误、弥补损失的行为（如主动退赃、赔偿受害人损失等），可能会在量刑时得到一定的从宽处理。但这与申请办理证件本身没有直接关系。

3. 建议：

   • 对于涉嫌非法经营的行为人，最重要的是尽快停止违法行为，并主动向有关部门投案自首，争取从宽处理。
   • 如果行为人确实需要经营某项业务，应该事先咨询相关部门，确保自己的经营活动符合法律法规的要求，并依法申请办理所有必要的证件和许可。

综上所述，申请办理相关证件在非法经营罪中并不能直接起到帮助作用。行为人应该遵守法律法规，合法经营，避免触犯刑法。如果面临法律问题，建议及时咨询专业律师，以便得到准确的法律意见和帮助。