法人向公司借款分期三年是合法的，但具体是否合法还需根据借款协议的具体内容以及公司的相关规定来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，法人与法人之间、法人与自然人之间的借贷行为是受到法律保护的，只要双方意思表示真实，不违反法律、行政法规的强制性规定，借贷行为即合法有效。
   • 分期还款是借贷双方约定的一种还款方式，只要双方对此达成合意，并在借款协议中明确约定，就是合法的。

2. 公司规定：

   • 公司作为借款方或出借方，其内部可能有关于借贷行为的规章制度。法人向公司借款并分期三年还款，需要符合公司的相关规定，如借款额度、借款用途、还款方式等。
   • 如果公司规定中明确允许法人以分期方式借款并还款，且借款协议符合公司规定，那么该行为就是合法的。

3. 税务和财务处理：

   • 法人向公司借款并分期还款，还涉及到税务和财务处理的问题。双方需要按照税法规定和会计准则进行税务申报和财务处理。
   • 如果税务和财务处理不当，可能会引发税务风险或财务风险，但这并不影响借贷行为本身的合法性。

综上所述，法人向公司借款分期三年是合法的，但前提是借款协议的内容需要双方真实意思表示，不违反法律、行政法规的强制性规定，并符合公司的相关规定。同时，双方还需要按照税法规定和会计准则进行税务申报和财务处理。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。