店铺在有诉讼的情况下，一般不建议注销营业执照。以下是对此问题的详细分析：

一、结论前置

店铺在被起诉期间，虽然理论上可以向市场监督管理部门申请注销营业执照，但此举存在较高的法律风险，并可能被视为逃避法律责任的行为。因此，建议店铺在诉讼期间积极应对诉讼，待诉讼结束后，再根据结果决定是否注销营业执照。

二、法律允许注销的情况与步骤

从行政程序角度看，若店铺符合注销条件且提交了所需材料，理论上是可以申请注销的。通常注销营业执照的步骤包括：

1. 成立清算组，对店铺债权债务进行清算。
2. 登报公告，通知债权人申报债权。
3. 完成税务注销，取得税务清税证明。
4. 向市场监督管理部门提交注销申请及清算报告等相关材料。
5. 市场监督管理部门核准后，收缴营业执照正副本。

三、不建议注销的原因及法律风险

然而，在实际操作中，店铺在被起诉期间注销营业执照存在诸多法律风险：

1. 恶意逃避债务风险：在明知可能被判决承担法律责任的情况下注销营业执照，法院可能会认定此为恶意逃避债务行为。此时，债权人不仅可通过法律途径追究原店铺经营者的个人责任，还可能引发更严重的法律后果，如被追究刑事责任。
2. 诉讼主体资格问题：营业执照注销后，店铺的法律主体资格消灭，将对正在进行的诉讼程序造成困扰。原告可能需要变更被告为原店铺经营者，执行阶段也可能转为对个人财产的执行，增加了诉讼的复杂性和不确定性。
3. 影响清算的进行：公司在面临诉讼时，其权利义务关系尚未明确，清算组无法准确确定公司的资产和债权债务情况。如果此时注销，可能导致清算工作无法进行，进而影响债权债务的清偿。

四、建议与对策

面对店铺被起诉的情况，建议采取以下对策：

1. 积极应对诉讼：店铺应积极准备诉讼材料，参与诉讼过程，争取有利判决。
2. 沟通协商：如需注销营业执照，应事先与债权人、法院等相关方进行沟通协商，确保注销行为不会妨碍诉讼的进行或引发新的纠纷。
3. 依法履行判决：无论诉讼结果如何，店铺都应依法履行判决或裁定，避免不必要的法律麻烦。

综上所述，店铺在被起诉期间应谨慎考虑注销营业执照的决策，以免因小失大，引发更严重的法律后果。如果你对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。