毕业生档案在运输过程中丢失，其责任的归属并非一成不变，而是需要根据具体情况来分析。以下是我根据不同情况给出的详细解答：
若由学校或单位负责运输：
- 在这种情况下，学校或单位作为档案的保管者和运输的组织者，负有确保档案安全送达的义务。如果档案在运输过程中丢失，除非能够证明是由于不可抗力或第三方故意破坏等无法预见且无法避免的原因导致，否则学校或单位应当承担相应的责任。
若由专业的档案运输机构负责：
- 如果学校或单位选择了专业的档案运输机构来负责档案的运输，并且双方签订了明确的运输合同，那么档案丢失的责任就应当根据合同中的约定来确定。通常情况下，运输机构会承担因其过失导致的档案丢失责任。
若由毕业生个人自行运输：
- 在某些特殊情况下，毕业生可能会选择自行携带档案进行运输。在这种情况下，如果档案丢失，那么责任主要由毕业生个人承担。因为毕业生作为档案的直接保管者，在运输过程中应当尽到合理的注意义务，确保档案的安全。
综上所述，毕业生档案在运输过程中丢失的责任归属，需要根据具体的运输情况来确定。如果是学校或单位负责运输，除非有特殊情况，否则应当承担责任；如果是专业的运输机构负责，则根据合同约定来确定责任；如果是毕业生个人自行运输，那么责任主要由个人承担。如果你在这方面遇到了具体的问题或纠纷，可以直接向我咨询，我会根据你的实际情况提供更具体的法律建议。