普惠协商还款结清证明已出，仍收到逾期短信，可能是系统错误或信息更新不及时所致。你应首先联系普惠公司确认结清状态，并要求其纠正错误。

一. 分析逾期短信的可能原因

1. 系统错误或信息更新不及时：有时候，即便还款已经结清，但由于公司内部系统错误或信息更新不及时，仍可能导致逾期短信的误发。
2. 结清证明未成功上传或登记：虽然你手中持有结清证明，但如果该证明未成功上传至公司系统或未在公司进行登记，也可能导致公司继续发送逾期短信。

二. 应对措施

1. 联系普惠公司：首先，你应直接联系普惠公司，向其说明情况，并提供结清证明。要求公司核实你的还款状态，并确认是否已结清。
2. 要求纠正错误：如果确认已结清，但公司仍发送逾期短信，你应要求公司立即纠正这一错误，并确保你的信用记录不受影响。
3. 保留证据：在整个过程中，你应保留好所有与普惠公司的通话记录、短信、邮件等证据，以备不时之需。

三. 法律建议

• 我的观点：虽然这种情况可能是由于系统错误或信息更新不及时导致的，但仍有必要保持警惕。如果普惠公司未能及时纠正错误，并导致你的信用记录受损，你完全有权要求其承担相应的法律责任。
• 后续行动：如果普惠公司未能积极响应你的请求，你可以考虑向相关监管部门投诉，或者寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

如有进一步需要，你可以继续咨询我。