高中未满16岁的学生偷了两部手机，是不会留下案底的。下面我详细解释一下这个问题：
不负刑事责任：根据我国法律，未满16周岁的未成年人因其心智尚未成熟，不具备完全刑事责任能力，因此，对于其盗窃行为不负刑事责任。这意味着，从法律层面上讲，他们不会因为这次行为而被定罪或留下刑事案底。
犯罪记录封存：即便有相关的处理记录，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，对于未满18周岁且被判处五年有期徒刑以下刑罚的未成年人，其犯罪记录应当予以封存。这意味着，这些记录不会对外公开，也不会对未成年人的未来生活产生负面影响。
教育和矫治：虽然不负刑事责任，但对于未满16岁的未成年人盗窃行为，通常会责令其父母或者其他监护人加以管教，并在必要时依法进行专门矫治教育。这是为了帮助未成年人认识到自己的错误，改正不良行为，预防再次犯罪，并促进其健康成长。
综上所述，高中未满16岁的学生偷了两部手机，是不会留下案底的。但需要注意的是，这并不意味着他们的行为没有后果。家长和学校应当加强对这类未成年人的教育和引导，帮助他们树立正确的价值观和法制观念，避免再次发生类似行为。如果你还有其他法律问题或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。